1970年3月9日夜，紀守常神父親自護送三位原住民少女前往台北愛民中心學習技藝。紀神父當晚離開會院，搭夜車抵高雄，凌晨(3/10)轉搭計程車欲前往嘉義瑪爾定醫院探望在該院工作的布農族女孩，途經省道台南新營路段時，不慎撞上路樹，計程車司機當場死亡，紀神父送醫後不治，三位少女坐後座分別受輕重傷住院治療。隔天(3/11)，中央日報、聯合報皆以斗大標題刊登此不幸消息，熟識紀神父者，莫不感到震驚。消息傳到蘭嶼，聞此噩耗，族人哀傷不已，蘭嶼鄉公所降半旗以示哀悼。紀神父遺體運送回台東馬蘭天主堂，供人憑弔，並在馬蘭教堂舉行殯葬彌撒後，安葬於台東市區的寶桑公墓。後寶桑公墓因都市計畫，紀神父遺骸遷葬到成功小馬天主堂白冷會士墓園，以迄於今。

紀守常神父逝世40年後，達悟族人自發成立紀守常基金會籌備小組，積極籌募創辦基金，並於2013年正式登記立案，效法「為一切人、成為一切」的精神，在一無所有中，成就一切。